מזכיר האיגוד ייבחר על ידי יו"ר האיגוד. מתפקידו לדאוג לעריכת פרוטוקולים של ישיבות הוועד; לבצע את ההתכתבויות של האיגוד, לדאוג לרשימה מעודכנת של החברים וכתובותיהם, וכמו כן עליו להודיע לחברים על פגישות, אסיפות ותוכניות.
בהיעדר המזכיר ימלא את מקומו, הגזבר או יו"ר האיגוד.